A Clínica Odontológica São João da Escócia situada no prédio da Escola São João da Escócia Av. Maria Quitéria, 2836, que funciona em convênio com a Universidade Estadual de Feira de Santana, tem como principal objetivo a assistência odontológica aos alunos da Escola São João da Escócia, aos familiares dos alunos da Escola, aos DeMolay’s e às pessoas carentes da comunidade, bem como aos Irmãos da Loja e a seus familiares que demonstrarem interesse pelo serviço.

A Loja Maçônica Luz e Fraternidade acredita ser essencial a saúde bucal dos alunos assistidos pela Escola São João da Escócia, tendo em vista que além de uma boa formação escolar necessário se faz que a saúde bucal esteja em dia, o que evita uma série de outras doenças decorrentes da má escovação, da formação de cáries e outras infecções. Por isso um trabalho preventivo é desenvolvido em paralelo com os procedimentos odontológicos realizados pelos alunos da UEFS, orientados por seus professores. A extensão do programa contempla a comunidade em geral.